重庆市水产科学研究所（简称“市水研所”）是1984年经重庆市人民政府批准成立的重庆市唯一的市级水产科研机构，属财政全额拨款公益二类事业单位，举办单位为重庆市农业投资集团有限公司。2013年经市编办批准加挂了“重庆农垦农产品质量安全检验检测站”（简称“质检站”）牌子，实行“两块牌子，一套班子”运行模式。
市水研所的宗旨：开展水产科学研究，促进水产事业发展；其职责任务：一是开展水产养殖及病害防治研究；二是开展水产品质量安全研究；三是开展渔业资源调查、研究、评估；四是承担长江中上游濒危水生动植物物种科学研究、保护、开发利用；五是开展水产科研技术推广与交流合作。六是开展农产品质量安全检验检测工作。
市水研所办公本部位于江北区红石路6号，拥有实验室（质检站）、鱼类标本室、图书室。质检站现有仪器设备总共计183台，价值1000多万元。
市水研所现有长寿、南川2个科研基地，占地面积300多亩，建有各种鱼池100多个，其中长寿基地是重庆市市级水产良种场，先后开展了大鳍鳠、大鳞鲃、岩原鲤、白甲、中科5号异育银鲫、长江鲟、中华沙鳅、四大家鱼等20多个鱼类的繁育养殖研究和利用，年产各类鱼苗可达2亿尾以上。其中大鳍鱯人工繁育技术处于国内领先水平，是西南地区最大的大鳍鳠人工繁育基地。
市水研所承担的长江鲟内塘驯化养殖和人工繁殖试验、水库消落区可干型网拦库湾培育大规格鱼种的研究、大鳍鳠规模化繁养殖关键技术及中试研究等二十多个项目先后获多项国家科技进步奖、四川省科技进步奖、重庆市科技进步奖。在淡水渔业、水生态学、水产科学、科学养鱼、水产养殖及重庆水产等杂志上发表论文100多篇，获得良好的科研效果和社会效益。
近年来，市水研所深学笃用习近平新时代中国特色社会主义思想和党的二十大和二十届二中、三中全会精神，聚焦水产科研主责主业，加大科技创新力度，加强科技成果转化，服务全市渔业产业，为努力成为中国西部水产研究领域龙头科研单位和水产科研成果产业化示范基地不懈奋斗。
